tonets.hatenablog.com tonets.hatenablog.com １年ぶりになってしまったブログ記事です。 2023年12月の給与明細 一部解説（12月分に記載のないものもあります） 裁量労働制という制度なので、定時や残業という概念はありません。 いわゆる旧年俸制（退職金…

35歳助教氏ワイ、年収900に副業と印税あるので待遇そのものは相変わらずあんまり困ってないが、任期付きなのと、退職手当は無い。 https://t.co/7x819rnBrc— Ohue M/大上雅史 (@tonets) 2022年12月26日 こちらのエビデンスです。 （2021年のものはこちら） t…

この記事は？→創薬 (dry) Advent Calendar 2022の５日目の記事です。 adventar.org 10年以上の年月と3,000億円超の費用を要する医薬品開発の期間とコストを削減するため、創薬の様々な場面でコンピュータによるインシリコ（in silico）解析が導入されている…

この記事は？→創薬 (dry) Advent Calendar 2022の４日目の記事です。 adventar.org タンパク質間相互作用 (protein-protein interaction, PPI) が創薬標的として注目されるようになって久しい。一般に難しい標的とされているPPIであるが、近年は様々な計算技…

34歳助教氏ワイ、年収800に副業と印税あるので待遇そのものはあんまり困ってないんですよね。しいて言えば任期付きなのと退職手当が無い。— 大上雅史｜Ohue M (@tonets) 2022年2月20日 これの"年収部分"のエビデンスです。 （2019年のものはこちら） tonets.…

学振特別研究員(DC1, DC2, PD, RPDなど)は、日本学術振興会 科研費（特別研究員奨励費）がもらえます。 加えて、学振PDは科研費（文部科学省／日本学術振興会 科学研究費助成事業）全般の応募資格を得ることができるため、その他の種目の科研費への応募が可…

註 まとまってない。 新米PIの2020年 2020年4月から、職位はそのままでラボを待つことになりました。いわゆるテニュアトラックという制度で、5年で審査を通ればテニュア化されるというものに乗っかっています。 2019年度 2019年度は私の任期の最終年度（ただ…

この記事は創薬 (dry) Advent Calendar 2019の20日目の記事です。 adventar.org ランク学習という機械学習手法でバーチャルスクリーニングする話をします。 ランク学習とは？ ランク学習とは、順序関係を学習する機械学習です。機械学習では、0か1を学習する…

この記事はIQ1 Advent Calendar 2019の4日目の記事（遅刻してごめんなさい）です。 助教とは 「助教」とは、大学の教職員の１職名です。東京工業大学においては、研究・教育に携わる職員には以下のような職位があります。 教授 Professor准教授 Associate Pr…

退職しませんエントリです。 題名のままです。 しかし、私の任期は５年間なので、2019年度中になんらかのアクションをしなければなりません。 一体私、これからどうなっちゃうの〜！

助教3年目の12月ですどうぞ。 pic.twitter.com/4qSOwU4pca — 猫じゃら美少女 (@tonets) December 18, 2017 2017年の年収はこれくらいでした。 2018年の年収は、 でした。来年はもう少し上がると良いな。 追記：忘れてたけど、これの＋数％分くらいの、兼業収…

この記事は IQ1の2まいめっ Advent Calendar 2018の20日目の記事です。 本日12月20日は私tonetsの結婚記念日です。 結婚してから5年が経ちました。つまり、2013年12月20日に結婚したわけです。 2013年12月20日といえば、tonetsはD3で、D論発表（公聴会）の5…

この記事はIQ1 AdC 2018の19日目の記事です。 参考記事 みなさん。 IQが1なので僕はD進しました。 なぜD進するのでしょう？ 就活が面倒だったからです。 研究が楽しかったからです。 IQ1にリクなんとかとかマイなんとかはレベルが高すぎます。 D進しない人は…

この記事は創薬 Advent Calendar 2017 (http://adventar.org/calendars/2412) の14日目の記事です。 連載３日目は、化合物を選ぶバーチャルスクリーニングから少し離れて、タンパク質間相互作用という生命現象を予測する話をします。 タンパク質間相互作用と…

この記事は創薬 Advent Calendar 2017 (http://adventar.org/calendars/2412) の13日目の記事です。 昨日に引き続き、化合物を選び出すバーチャルスクリーニングのお話です。バーチャルスクリーニングにはいろんなアプローチがあり、毎日のように新しい手法…

この記事は創薬 Advent Calendar 2017 (http://adventar.org/calendars/2412) の12日目の記事です。 Spressoという計算ツールの紹介です。論文はこちら。 Yanagisawa K, Komine S, Suzuki SD, Ohue M, Ishida T, Akiyama Y. Spresso: An ultrafast compound …

この記事はIQが1 Advent Calendar 2017 (http://adventar.org/calendars/2377) の13日目の記事です。 D進=大学院博士後期課程への進学について書きます。 だいたい理工系（特に情報系）を想定してます。医歯薬系・文系はよく知りません。 ・D=博士後期課程っ…

この記事は今年読んだ一番好きな論文 Advent Calendar 2015の２３日目の記事です． 今日紹介するのは，Journal of Chemical Information and Modelingという論文誌に掲載されたAn Inexpensive Method for Selecting Receptor Structures for Virtual Screeni…

以下，国立情報系で博士を取ったポスドクについて． http://anond.hatelabo.jp/20141201200815 から一部拝借，補足的な感じで． Q1. 博士課程ってなんですか A1. 博士後期課程の略。学部4年、修士課程2年過ごしたあとに、さらに3年間（医薬系は4年間）大学に…

昨日の記事の続きです．なんの話かということは昨日の記事を参照のこと． (バーチャルスクリーニングの指標のテスト) 今日はさらに指標を４つ紹介する．AU-ROC，AUAC，BEDROC，EFの４つ． AU-ROC (Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve) …

久しぶりの記事．久しぶりすぎたのでテンプレも変えた． 最近バーチャルスクリーニング(virtual screening)という話を勉強中である． 簡単に言うと，薬（でもなんでも）のモトになるligand（とか）を計算機で選別しましょう，というもの． 話すと長くなるの…

PyMOL1.3のrToolsというプラグイン集のcolor_protscaleプラグインで疎水性残基の色分けとかしてたけど，白-青とか赤-青みたいなよく見るやつしかなく，今回灰-白というカラーパターンが必要になったので作った． PyMOL: http://www.pymol.org/ rTools: http:…

PDB (Protein Data Bank) は実験的に決定されたタンパク質(など)の構造情報を提供するデータベースのこと，UniProt (Universal Protein resource) とはタンパク質の配列情報と機能アノテーションを提供するデータベースのことである．最近PDBの構造情報につ…

チャイコフスキーの弦楽セレナーデ（セレナード）ハ長調 作品48は，某人事のCMで一気に有名になった曲であり，第１楽章の冒頭を１回聞けば誰もが あぁあれね と思うこと間違いなしである．非常にファンが多い曲であり，僕も大好きな曲の１つである．文献[1]…

Windows7でPyMOL1.3にrToolsというプラグイン集のcolor_protscaleプラグインを入れた時にちょっと躓いたのでメモ． PyMOL: http://www.pymol.org/ rTools: http://www.rubor.de/pymol_extensions_en.html 参考：Go the Distance! ボスとの話し合い/Pymolでタ…

ubuntu11.10をVMware上に構築したので、そのときのメモ。 「Gtk-WARNING **: module_path にはテーマ・エンジンがありません: "pixmap",」 emacsやrasmolを起動する度に「Gtk-WARNING **: module_path にはテーマ・エンジンがありません: "pixmap",」という…

ちょっとメモがわりに ドキュメント関連 Microsoft Office (Word, Excel, Powerpoint) TeX TeXインストーラ WinShell EPS-conv wmf2eps(vista, 7はインストールが少々面倒) emf2eps サクラエディタ ネットワーク関連 Sleipnir Thunderbird PuTTY WinSCP FFFT…

C版 main(i){for(;i++ http://codepad.org/L9ZXL0be Perl版 print"（◕ ‿‿ ◕）",$/for 1..100 http://codepad.org/RLN2QGBh やっぱりPerlには勝てない． 両者ともに改良募集中．他言語版も募集中．

高専カンファレンスに@shtaxxxと参加してきました． とりあえず，アンカンファレンス用のネタを１個準備． ３番目の部屋のラス２枠を取って発表しました．スライドはこちら．http://slidesha.re/bkuuaF並行して５つの発表が行われており，何を見たらいいか・…

なぜか映像だけ出力されて音声が出ない不具合に陥った． アンインスコして再インストールしてもダメ．いろいろググって，公式にサポートがあることを見つけた．音声のみが再生されない | サポート > FAQ | GOM PLAYER 【ゴムプレイヤー】 http://www.gomplay…