(Windows7上の)PyMOLで疎水表面分布を見たい

Windows7でPyMOL1.3にrToolsというプラグイン集のcolor_protscaleプラグインを入れた時にちょっと躓いたのでメモ．

• PyMOL: http://www.pymol.org/
• rTools: http://www.rubor.de/pymol_extensions_en.html

参考：Go the Distance! ボスとの話し合い/Pymolでタンパクの疎水性度を表示させる方法
http://fumihiro.blog63.fc2.com/blog-entry-1012.html

まず，rToolsをダウンロード・解凍し，

C:\Program Files (x86)\PyMOL\PyMOL\modules\pmg_tk\

にぶちこむ．（パスは各自適宜読み替えてください）

次にpmg_tkの中のcolor_protscale.pyを開き，36行目〜40行目あたりを以下のように書き換える．

#if os.sep == '\\':
SCALE_PATH = 'C:\\Program Files (x86)\\PyMOL\\PyMOL\\modules\\pmg_tk\\protscale\\'
#if not os.access(SCALE_PATH,os.F_OK):
# SCALE_PATH = 'C:\\Program Files (x86)\\PyMOL\\PyMOL\\modules\\pmg_tk\\protscale\\'

PyMOLを開き，Plugin→Managed plugins→installからさきほどのcolor_protscale.pyを選択すると使えるようになる．

もしミスってたら，

C:\Program Files (x86)\PyMOL\PyMOL\modules\pmg_tk\startup\

内のcolor_protscale.pyを編集すると，いちいちpluginのremove→installを繰り返さなくて済む．

使い方はpluginのところからカラースケールを選択して，表示したい分布をBoxから選ぶだけ．
こんな図が描ける．(PDB ID: 3CHY)