2012-01-01から1年間の記事一覧

PyMOLのprotscaleに新しいカラーパターンを追加する

PyMOL1.3のrToolsというプラグイン集のcolor_protscaleプラグインで疎水性残基の色分けとかしてたけど,白-青とか赤-青みたいなよく見るやつしかなく,今回灰-白というカラーパターンが必要になったので作った. PyMOL: http://www.pymol.org/ rTools: http:…

PDBとUniProtのエントリ数あれこれ

PDB (Protein Data Bank) は実験的に決定されたタンパク質(など)の構造情報を提供するデータベースのこと,UniProt (Universal Protein resource) とはタンパク質の配列情報と機能アノテーションを提供するデータベースのことである.最近PDBの構造情報につ…

池辺晋一郎のチャイコ弦セレ考を読んだ

チャイコフスキーの弦楽セレナーデ(セレナード)ハ長調 作品48は,某人事のCMで一気に有名になった曲であり,第1楽章の冒頭を1回聞けば誰もが あぁあれね と思うこと間違いなしである.非常にファンが多い曲であり,僕も大好きな曲の1つである.文献[1]…

(Windows7上の)PyMOLで疎水表面分布を見たい

Windows7でPyMOL1.3にrToolsというプラグイン集のcolor_protscaleプラグインを入れた時にちょっと躓いたのでメモ. PyMOL: http://www.pymol.org/ rTools: http://www.rubor.de/pymol_extensions_en.html 参考:Go the Distance! ボスとの話し合い/Pymolでタ…