PyMOLのprotscaleに新しいカラーパターンを追加する

PyMOL1.3のrToolsというプラグイン集のcolor_protscaleプラグインで疎水性残基の色分けとかしてたけど，白-青とか赤-青みたいなよく見るやつしかなく，今回灰-白というカラーパターンが必要になったので作った．

• PyMOL: http://www.pymol.org/
• rTools: http://www.rubor.de/pymol_extensions_en.html

まず

C:\Program Files (x86)\PyMOL\PyMOL\modules\pmg_tk\startup\color_protscale.py

を開く．

def get_color_mapのサブルーチンに

if name=='gray':
red = (1.0-assign_map[k])*0.6+0.4
green = (1.0-assign_map[k])*0.6+0.4
blue = (1.0-assign_map[k])*0.6+0.4
color_map[k] = [red,green,blue]
message = 'gray=1.0 white=0.0'

を追加．

def __init__(self):に

self.menuBar.addmenuitem('Color schemas', 'command',
'gray',
label='gray - white',
command = lambda : set_colorschema('gray'))

を追加．

これで「灰色〜白色」のカラーパターンができる．